Die Johannstadt hat ihren Ursprung im Jahr 1874, als das bisherige Bauverbot für das Gebiet, das zuvor zur Äußeren Pirnaischen Vorstadt gehörte, aufgehoben wurde. Vor dieser Zeit bestand die Gegend hauptsächlich aus Wiesen, landwirtschaftlichen Flächen sowie einigen Ziegeleien und Vorwerken. Im Mittelalter gehörten Teile des Gebiets zur Siedlung Ranvoltitz, die im 14. Jahrhundert aus unbekannten Gründen verlassen wurde. Ab diesem Zeitpunkt hatten das Dresdner Maternihospital, das Neustädter Augustinerkloster und das Brückenamt, das dem städtischen Rat unterstand, Grundstücke hier, darunter die bewaldeten Flächen des Blasewitzer Tännichts und einige Weinberge am Tatzberg. Die Ratsziegelei in der Nähe des heutigen Sachsenplatzes spielte eine wichtige Rolle in der Wirtschaft, da dort ein Großteil der benötigten Ziegel für Dresden hergestellt wurde. Nach der Reformation übernahm die Stadt die Flächen des aufgelösten Klosters und nutzte sie als Weideland. Im Jahr 1683 dienten diese Flächen als Standort eines großen Heerlagers der sächsischen Armee unter Kurfürst Johann Georg III. Bis 1873 fand in der Nähe des Güntzplatzes die Dresdner Vogelwiese statt.

Noch bis ins 19. Jahrhundert durchzogen nur wenige Straßen und Wege diese Gegend, die die Anwesen hier mit der nahen Residenzstadt verbanden. Ursprünglich für die Landwirtschaft genutzt, wandelten sich die Vorwerke „Lämmchen“, „Hopfgartens“ und „Stückgießers“ später zu beliebten Ausflugszielen. Ein markantes Kennzeichen der Region war das Schlösschen „Antons“, das 1754 anstelle eines früheren Kalkwerks entstand. Die dazugehörige Gaststätte mit Elbebad wurde bis 1945 gerne von den Dresdnern besucht. Die heutige Johannstadt erlitt 1813 schwere Schäden, als französische Soldaten die bestehenden Vorwerke besetzten und durch Kämpfe zerstörten. Die vier Bockwindmühlen am Windmühlenberg gingen in Flammen auf und wurden nicht wieder aufgebaut.

Im Jahr 1813 schnappte sich die Stadt Dresden ein größeres Stück entlang der Chaussee nach Blasewitz, um dort einen neuen Friedhof zu schaffen. Der Trinitatisfriedhof, wie er ab 1834 genannt wurde, entstand. Direkt daneben kam 1866 der Neue Jüdische Friedhof für die Mitglieder der Israelitischen Gemeinde dazu. Ab 1872 konnte man die erste Pferdestraßenbahn Dresdens erleben, die vom Schloßplatz nach Blasewitz fuhr. Zu der Zeit waren große Teile der späteren Johannstadt noch unberührt. Erst 1874, als ein Bebauungsplan verabschiedet wurde, legten mehrere Baugesellschaften los und machten sich daran, die Flächen zu erschließen. Die Dresdner Ostend-Gesellschaft errichtete nördlich der Stübelallee schicke Villen. An der Pfotenhauerstraße, die zwei Jahre später entstand, entstanden Mehrfamilienhäuser für die Aktiengesellschaft Germania. Nach dem Konkurs der 1872 gegründeten „Zentralbank für Landerwerb und Bauten“ übernahm der Bauverein Johannstadt die Grundstücke und ließ auch hier neue Gebäude hochziehen. Am 6. November 1877 erhielt das neue Stadtviertel offiziell den Namen Johannstadt, als Erinnerung an den 1873 verstorbenen sächsischen König Johann.

Bis zur Jahrhundertwende war die ganze Johannstadt so gut wie bebaut und hatte sich mit dem angrenzenden Striesen zusammengeschlossen. Das Viertel war von Anfang an als Wohngegend konzipiert, deshalb gab es hier vor allem geschlossene Wohnquartiere mit vier- bis fünfgeschossigen Mietshäusern. Rund um den Großen Garten prägten Villen das Bild. Nur zwischen Blasewitzer und Blumenstraße ließen sich einige Industrieunternehmen nieder, die die vorher ansässigen Gärtnereien weiter nach Osten verdrängten. Später entstanden in den Hinterhöfen der Wohnblocks kleinere Handwerks- und Gewerbebetriebe. Zu den bekanntesten Unternehmen in der Johannstadt gehörten die Kunst- und Lichtdruckanstalt Römmler & Jonas sowie die Karosseriebaufirma Gläser in der Arnoldstraße. Dazu kamen eine Reihe von Zigarettenfabriken an der Pfotenhauer-, Blasewitzer und Fürstenstraße. Die geplante Bebauung der Elbwiesen durch die Gesellschaft „Prinzenaue“ samt einer Hochuferstraße wurde nicht umgesetzt. Stattdessen nutzte man das Gelände für verschiedene Großveranstaltungen (Turnfest, Sängerbundfest) sowie als Schauplatz der Vogelwiese.

Im Zuge der Vorstadterweiterung entstanden bis zum Ersten Weltkrieg mehrere öffentliche Gebäude. Die Trinitatiskirche wurde 1891 in unmittelbarer Nähe des Trinitatisfriedhofs errichtet. 1902/04 folgte die Andreas­kirche am Stephanienplatz, die 1945 zerstört wurde. Es entstanden außerdem vier Volksschulen, vier höhere Schulen und 1934 wurde eine Berufsschule an der Gerokstraße eröffnet. Um die Verkehrsanbindung zu verbessern, wurde von 1875 bis 1877 die Albertbrücke gebaut. In ihrer Umgebung entstanden nach der Jahrhundertwende weitere Gebäude wie das 1913 eröffnete Stadthaus Johannstadt (heute Sparkasse), die Kunstgewerbeschule mit angeschlossenem Museum, verschiedene Bauten für die Gewerbeschule und die Technischen Lehranstalten sowie das Postamt in der Gerokstraße.

Auch im Gesundheitswesen wurden einige wichtige Einrichtungen geschaffen. Bereits 1878 wurde das Carolahaus an der Gerokstraße gebaut, und 1894 entstand das katholische St.-Joseph-Stift. Vier Jahre später begann der Bau des Johannstädter Krankenhauses im Birkenwäldchen. Dieser Gebäudekomplex, der mehrfach erweitert und modernisiert wurde, dient heute als Universitätsklinikum zusammen mit der ehemaligen Städtischen Frauenklinik.

1945 gehörte die Johannstadt zu den am schwersten von Luftangriffen betroffenen Stadtteilen Dresdens. Fast alle Gebäude außer einigen Wohnblöcken am Elbufer (Thomas-Müntzer-Platz), am Bönischplatz und nördlich des Großen Gartens wurden durch Bomben zerstört. Die Einwohnerzahl sank zeitweise auf 4000 Menschen. Schon im Januar 1946 begann die Räumung der Ruinenfelder. Wiederverwertbares Material wurde in einer Trümmerverwertungsanlage am Dürerplatz und im späteren Betonplattenwerk auf dem Areal des Carolahauses an der Gerokstraße für den Wiederaufbau aufbereitet. Das Gelände am Elbufer wurde als Deponie für den übrig gebliebenen Schutt genutzt. Ende der 50er Jahre entstanden die ersten neuen Wohnungen an der Striesener und der Fetscherstraße, die in klassischer Ziegel- und Großblockbauweise nach Plänen von Wolfgang Hänsch und Johannes Rascher erbaut wurden.

In den späten 1960ern begann dann der geplante Wiederaufbau der zerstörten Johannstadt. Anstelle der damals zerstörten Gründerzeitbauten und teilweise unter Missachtung des vorhandenen Straßennetzes entstanden in zwei Bauphasen ab 1969 über 6300 neue Wohnungen. Die meisten davon sind in Form von mehrgeschossigen Plattenbauzeilen und 17-stöckigen Hochhäusern entstanden. Dazu kamen einige öffentliche Gebäude wie Schulen, Einkaufszentren und Polikliniken. Diese Bauten prägen immer noch große Teile der Johannstadt und wurden seit 1990 modernisiert. Heute gehören die meisten Häuser der Wohnungsgenossenschaft Johannstadt e.G. Einige freie Flächen, wie am Fetscherplatz, wurden nach 1990 mit modernen Wohn- und Geschäftshäusern bebaut oder warten noch auf ihre Neugestaltung. Seit 2012 verbindet die neue Waldschlösschenbrücke den Stadtteil mit der gegenüberliegenden Neustadt.

Die Johannstädter Elbfähren haben eine Geschichte, die bis ins 18. Jahrhundert zurückreicht und an verschiedenen Stellen den Fluss überquerte. Die älteste nachgewiesene Fährstelle befand sich in der Nähe des Vorwerks „Anton´s“ und erfreute sich besonders bei Ausflüglern großer Beliebtheit. Ab 1875 gab es eine weitere Fähre in Höhe der Gneisenaustraße – Löwenstraße. Hier wurde von Anfang an ein Dampffährboot eingesetzt, anstelle der bis dahin üblichen Gierseilfähren, um dem starken Verkehrsaufkommen gerecht zu werden. Eine dritte Überfahrtmöglichkeit existierte ab 1840 in Verlängerung der Schubertstraße zur Saloppe. Alle drei Fähren wurden bis in die Nachkriegszeit von der Dresdner Fischerinnung betrieben.

Obwohl diese Elbfähren hauptsächlich für Reisende, Fuhrleute und Anwohner gedacht waren, entwickelten sie sich schnell zu wichtigen Verkehrsmitteln im Ausflugsverkehr. Dazu trugen sowohl die Ausflugslokale am Elbufer als auch die jährlich ab 1873 in Johannstadt stattfindende Vogelwiese bei. Nach 1945 führten wirtschaftliche Gründe und die Auflösung der Fischerinnung zur Einstellung des Fährbetriebs an der Saloppe (1953) und bei „Anton´s“ (1957). Die Elbfähre zur Drachenschänke am Diakonissenweg, die in der Nachkriegszeit an ihren heutigen Standort am Fährgarten verlegt wurde blieb jedoch erhalte